1979 yılında Cerrahpaşa Tıp Fakültesinden mezun oldu. 1981-1985 yılları arasında İstanbul Tıp Fakültesinde Genel Cerrahi ihtisası yaptı. 1988-2008 yılları arasında İstanbul E.A.H’de başasistan, şef yardımcısı ve klinik şefi olarak çalıştıktan sonra 2008 yılında kendi isteği ile emekli olarak 11 yıl kadar da Medipol Grubu Hastanelerinde görev yaptı. 2019 yılından itibaren serbest hekim olarak çalışmakta olup halen Hekim Hakları Derneği Başkan Yardımcısı’dır.
Dr. Mustafa Şener Hekim Hakları Derneği (HHD); evrensel, milli ve manevi değerlere sahip, meslektaşlarının ve hastalarının haklarını önemseyen, bilimsel ve sosyal ortak çalışmalar yapmayı hedeflemiş, hekimlik mesleğinin itibarını ve onurunu