1967 yılında Zonguldak’ta doğdu. İlk ve orta öğrenimini Amasra/Bartın’da tamamladı. İÜ İstanbul Tıp Fakültesi’nden mezun olduktan sonra (1990) klinik mikrobiyoloji ve enfeksiyon hastalıkları uzmanlığını tamamladı. 2005’de doçent, 2011’de profesör oldu. İÜ Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD öğretim üyesi olan Aygün, aynı zamanda Hastane Enfeksiyon Kontrol Komitesi’nde de aktif olarak görev almaktadır. Temmuz 2010’dan beri İÜ Hastaneleri Kalite Direktörü görevini de yürüten Dr. Aygün, evlidir bir kız çocuğu babasıdır.
Sağlık Bakanlığı tarafından belirlenen Hizmet Kalite Standartları (HKS) (1); bir süredir Sağlık Bakanlığı hastaneleri ve özel hastanelerde uygulanan, özellikle 2011 yılından itibaren Çalışan ve Hasta Güvenliği Yönetmeliği (2) esas alınarak
